院校至今已发展成为拥有23个研究所（院、基地）、6家医院、7所学院、56个创新单元，集医教研防产为一体的国家医学科学中心和综合性医学科学研究机构。院校拥有两院院士24人、国家杰青39人；拥有国家“双一流”建设学科4个；在教育部学科评估中有6个A类学科；拥有国家重点实验室5个、国家临床医学研究中心5个、其他国家级科研基地8个。院校有6所直属医院，包括中国医学科学院北京协和医院、阜外医院、肿瘤医院、整形外科医院、血液病医院和皮肤病医院，集综合医院和专科医院于一体，形成了国内外闻名的医疗、教学和研究紧密结合的临床医学体系。